本系於96學年度開學起即以設計競賽方式徵求本系系徽設計，經97年2月21日系務會議初選投票選出三組設計進入決選，復於97年4月2日系務會議中以複選投票議決。
下圖為本系中英文系徽，圖案左上角齒輪表示機械，右上角的太陽象徵能源，右下角則為飛行器代表航空，三者同處一環中，表示本系在領域中不僅各有長才，更能跨領域協同研究，以培育機電能源及航太工程相關領域所需之高素質科技軍官與工程師。此外飛行器朝向太陽方向，更有迎向旭日之意，象徵本系更有欣欣向榮的未來。
104年7月1日更名為「機械及航太工程學系」，系徽同時修正。
